日本亚马逊有一些独特的规则。在付款方式上，支持信用卡、支付宝、Paypal等多种付款方式。退货规则方面，如果是FBA发货的产品，亚马逊会安排上门揽件；第三方店铺的产品则需要自己联系物流退回。
在日本亚马逊购物是需要缴税的。日本亚马逊售卖的产品基本上含8%的消费税，这部分需卖家自行结算。当进行购买操作时，系统会明确提示税款信息，且标识清晰，让卖家能准确知晓总成本。在付款页面，税款会被单独列出要求支付。不过这里的消费税是日本国内的消费税，并非运到中国等其他国家的关税。如果是日本亚马逊直邮中国的商品，则在结账时日亚会从信用卡账户中扣除一笔预缴关税保证金。另外，满足条件的跨境卖家需要注册亚马逊日本消费税（jct税号），虽然从注册条件来看，该政策目前并不是强制性的，但对于想要在日本市场有长远计划的卖家，建议在2023年10月1日前注册好jct。