天猫专卖店和旗舰店存在多方面区别。
一、品牌归属方面
旗舰店是拥有自主品牌的店铺，销售自己品牌的产品。而专卖店是经营一个或多个授权品牌的店铺，品牌所有权不属于专卖店商家。
二、保证金方面
旗舰店：如果品牌商标带TM标志，保证金为10万元；不带TM的，保证金是5万元。
专卖店：带TM商标的，保证金为15万元；不带TM的，保证金是5万元。
三、经营灵活性方面
旗舰店主要围绕自有品牌的产品进行销售和推广，产品种类相对集中于自己品牌旗下的商品。专卖店虽然可以经营多个授权品牌，但相比旗舰店经营的品牌范围更窄，且受品牌方授权限制。