Shopee代运营的收费方式分为按固定费用收取和按效果付费。按固定费用收取，即代运营公司不管最终店铺销售额大小，都会向商家收取一个既定费用来运营店铺。而按效果付费，则是服务商根据运营效果，如流量提升、销售额增长等，收取费用。
大多数情况下，Shopee代运营公司采用按效果付费的模式。这是因为按固定费用支付无法对代运营公司形成足够激励，他们可能只是简单维护店铺，难以有效提高商家店铺销售额。而按效果付费，能让代运营公司在帮助店铺获得更多收益的同时，自身也得到相应回报。
Shopee代运营按效果付费的计算方式较为复杂，比如转化率就是一个重要参考因素。代运营公司会根据用户的购买转化率来确定价格。一般来说，转化率越高，意味着店铺运营效果越好，代运营公司收取的费用可能相对较高；反之，转化率低，费用可能会相应降低。此外，流量增长、销售额提升幅度等也会影响费用计算。例如，若代运营在一定周期内使店铺销售额有显著增长，会按照约定比例从增长部分中收取费用。按效果付费的计算综合多方面运营效果指标，旨在让代运营公司与商家利益紧密相连，共同推动店铺发展。