在淘宝退货时，代购费用能否扣除需要分情况来看。
一、卖家承担代购费用的情况
如果商品存在质量问题，例如有瑕疵等，这种情况下买家要求退货，代购费用应由卖家承担。因为此时代购费用对于买家来说是由于商品问题产生的“不合理损失”，理应由卖家负责。另外，如果是卖家违反交易协议导致退货，卖家也需要承担代购费用。
二、买家承担代购费用的情况
如果是买家自己的原因导致需要退货，例如买家不喜欢商品了、买错了等主观因素，那么代购费用则不应由卖家承担。还有如果是通过朋友或者海外华人这种没有中间代购公司或个人的形式代购，本身一般不需要支付代购费用，遇到退货时也不存在扣除代购费用的情况。
淘宝退货时代购费用是否扣除不是一概而论的，要根据退货的具体原因来确定是由卖家还是买家承担代购费用。