抖店停业整顿三天不一定会罚保证金。如果商家的违规行为触及了抖店平台的保证金罚没条款,那么平台有权根据规则对商家进行处罚,包括但不限于罚没保证金。但并非所有停业整顿的情况都会导致保证金被罚没。如果商家在停业整顿期间能够积极配合整改,及时纠正违规行为,并且没有造成严重的后果或影响,那么平台可能会酌情考虑不对其进行保证金罚没的处罚。