出口货运代理费计入的会计科目有多种情况。如果将其视为一种管理性服务，可计入管理费用，对于出口货运代理公司而言，像人工、房租、水电等费用在考虑管理费用时都可列入。在遇到货物损坏、人员医疗等意外情况时，若由保险承担相关支出，这部分出口货运代理费可算作营业外支出。若出口企业的货款由代理商代收，那么代理费应计入企业的货款收入中。
在费用结算方面，包含以下内容。运输费用是其中之一，在出口货运代理业务中会用到多种运输工具和方式，所以车辆租赁、保险费用等运输费用必须包含在费用结算内。仓储费用不可或缺，仓储租金、安全保障等仓储相关费用要计入结算。手续费用也要考虑，审核、报关、商检等贸易手续产生的费用应计入。关税和税费在出口货运代理业务中不能忽视，结算时必须考虑。此外，像人工、办公设备、水电等其他与出口货运代理业务相关的支出也需要在费用结算中考虑。